Program Penelitian Kolaborasi Indonesia

Unpad – Undip – UPI

SENYAWA BIOAKTIF DARI MIKROALGA LAUT SEBAGAI INHIBITOR VIRUS SARS-CoV-2

Wabah pneumonia yang sedang berlangsung terkait dengan coronavirus baru (CoViD-19) yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 telah dilaporkan di kota Wuhan, provinsi Hubei, Cina. Wabah CoViD-19 ini telah menyebabkan pandemi global yang sejauh ini telah mengakibatkan jutaan kasus infeksi dan jutaan kematian di seluruh dunia. Hingga saat ini ketersediaan obat terapeutik bertarget dan pilihan penanganan efektif yang tepat masih sangat terbatas. Oleh karena itu, langkah penanggulangan wabah secara cepat dan tepat perlu dilakukan. Penanggulangan penyakit akibat virus dengan penggunaan obat-obatan sintetik telah diaplikasikan pada bidang farmasi dan biomedis. Namun di sisi lain, penggunaan antivirus alami yang diperoleh dari sumberdaya hayati dapat menjadi sumber kandidat obat ideal untuk mengatasi masalah tersebut. Dalam upaya penemuan senyawa yang tepat untuk penggunaan secara klinis, maka penelitian ini bertujuan menganalisis potensi senyawa bioaktif dari mikroalga laut sebagai inhibitor virus SARS-CoV-2 melalui pendekatan virtual screening, molecular docking dan molecular dynamic. Dalam penelitian PPKI ini, penggunaan metode in silico pada proses pencarian obat dari beberapa senyawa aktif yang dihasilkan oleh beberapa spesies mikroalga akan dilakukan. Penelitian ini juga bertujuan untuk membuat database struktur senyawa bahan alam laut dari mikroalga dan memprediksi bioaktivitas senyawa dari mikroalga sebagai inhibitor protein tertentu pada SARS-CoV-2 dengan metode penapisan maya (virtual screening) dan molecular docking. Evaluasi dari berbagai bahan aktif digunakan dalam proses screening akan dilakukan untuk menganalisis mekanisme kerja antara interaksi senyawa bioaktif dan virus SARS-CoV-2 dengan pendekatan molecular dynamic. Hasil molecular docking dari berbagai senyawa aktif yang diuji akan dievaluasi secara in vitro untuk mendapatkan kandidat senyawa aktif ideal sebagai antivirus SARS-CoV-2

Kata kunci: Mikroalga laut, senyawa aktif, antivirus, CoViD-19, SARS-CoV-2

METODOLOGI

1. Pembuatan database senyawa aktif dari mikroalga sebagai antivirus

Pembuatan database senyawa aktif dan struktur molekulnya yang berasal dari mikroalga dilakukan dengan metode studi literatur dari berbagai database (MarinLit,marine drugs, dll.) dan juga publikasi internasional yang dipublikasikan sejak Januari 1970 hingga Desember 2019 yang spesifik membahas bahan alam dari perairan laut (marine natural products). Klasifikasi terhadap jenis molekul, karakteristik fisik dan kimia serta sumber mikroalga penghasil akan dibuat pada sistem database.

2. Metode molecular docking dan virtual screening dalam pembuatan desain obat

2.1  Perangkat Lunak

2.2  Pengumpulan Data dan Struktur Senyawa Ligan dan Reseptor Target

2.3  Preparasi Ligand dan Reseptor Target untuk Docking

2.4  Preparasi parameter Grid dan parameter Docking

2.5  Simulasi Docking

2.6  Virtual Screening Senyawa-senyawa Potensial

2.7  Simulasi Dinamika Molekul

2.8  Analisis trajektori dan perhitungan energi pengikatan

2.9  Penguajian in vitro bioaktif menggunakan Ellisa

Manfaat dari riset ini adalah didapatkannya jenis mikroalga laut dan beberapa senyawa yang tepat dan efisien sebagai kandidat antivirus alami sebagai salah satu upaya penanggulangan pandemi virus SARS-CoV-2

TIM PENELITI

Fiddy Semba Prasetiya, S.Pi., M.Sc., Ph.D

Fiddy Semba Prasetiya, S.Pi., M.Sc., Ph.D

Position

Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Padjadjaran.
Pusat Riset Bioteknologi Molekuler dan Bioinformatika,Universitas Padjadjaran

Dr.	Ir.	Suryanti,	M.Pi

Dr. Ir. Suryanti, M.Pi

Position

Departemen Sumberdaya Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro.

 Bidang Keahlian : Aplikasi Mikroalga

dr.	Pipit	Pitriani,	M.Kes.,	Ph.D

dr. Pipit Pitriani, M.Kes., Ph.D

Position

Fakultas Pendidikan Olahraga dan Kesehatan, Universitas Pendidikan Indonesia.

Bidang Keahlian : Kesehatan

 

Target capaian diantaranya yaitu:

  1. virtual screening senyawa mikroalga latut sebagai inhibitor protein ACE2
  2. simulasi dinamika molekul terhadap senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor ACE2
  3. analisis kestabilan hasil simulasi dinamika molekul senyawa inhibitor terhadap ACE2
  4. pengujian in vitro senyawa bioaktif menggunakan SPR